1^ ipotesi non confermata
In questo periodo, dopo la campagna d'Italia di Napoleone che iniziò nel 1796, sembrerebbe che sia entrato in contatto con molte opere d'arte trafugate dallo stesso suo generale in tutta l'Italia del nord, dove i francesi fecero razzia di innumerevoli capolavori artistici dei pittori italiani, tra i quali il codice Atlantico e molti scritti di Leonardo e, tra questi, vi fu proprio il "San Girolamo".
2^ ipotesi non confermata
Il cardinale
Joseph trovandosi a Roma nel 1796 al seguito delle truppe francesi, trovò personalmente " San Girolamo" depositato presso una piccola bottega di un certo "Pietro Picelli" o "Andarini", noto rigattiere locale. Parte del quadro, in particolare la parte inferiore era utilizzata incredibilmente dal rigattiere per la copertura di una cassa contenente dei colori per evitare che prendessero l'umidità. Il cardinale, appoggiato dalle guardie francesi, intimò al rigattiere di farsi consegnare l'altra metà dell'opera e ,dopo molte insistenze, confessò di averla consegnata allo "scarpaio", il ciabattino che aveva la bottega nella stessa zona.
Preso in consegna dalle guardie francesi , si recarono tutti a verificare l'informazione presso lo scarpaio e, loro malgrado, ebbero modo di rendersi conto che la parte superiore dell'opera era utilizzata come piano di battuta, cioè una specie di piano di lavoro dove lo scarpaio poggiava sandali e scarpe da risistemare, utilizzando martelli e chiodi per assemblare le suole e lavorare il cuoio.
3^ ipotesi non confermata
Alla morte del cardinale Joseph Fesch avvenuta in Roma il 3 maggio 1839 fu trovata da canonici di Pio IX
presso un luogo di Roma, probabilmente il Nunzio apostolico o la Chiesa di San Giovanni fuori le mura, all'interno di un cassone ben sigillato, il San Girolamo originale, purtroppo suddiviso in 5 pezzi.
Cinque pezzi di legno (al di là del racconto romanzato la tavola risulta realmente tagliata in cinque pezzi). Alla morte del cardinale il quadro fu messo all'asta e venduto più volte, fino ad essere individuato e fatto acquistare da Pio IX (pontefice dal 1846 al 1878).
1856
Pio IX, una volta rinvenuto il quadro, lo fece restaurare e una volta terminato il restauro, affidò le cure del quadro in deposito presso il caveau della attuale Pinacoteca Vaticana, dove si trova tutt'ora.