1407
Il condottiero Facino Cane, mercenario avido e spietato al soldo del marchese Teodoro II Paleologo (1364 – 26 aprile 1418), marchese del Monferrato, figlio terzogenito del marchese Giovanni II e di Elisabetta di Maiorca, scorrazzava con quasi 400 uomini al suo seguito in tutti i territori, dal Piemonte alla Lombardia, saccheggiando e invadendo le contee sino ad arrivare a Varese, proprio dopo la morte di Gian Galeazzo Visconti, si proclamò l'assoluto Signore di Varese.
1410
Giovanni Maria Visconti, figlio di Gian Galeazzo Visconti e di Caterina Visconti (a sua volta figlia di Bernabò Visconti) e fratello di Filippo Maria che gli succedette al titolo, con i suoi soldati marcia verso Varese e in pochi giorni affronta i mercenari di Teodoro II, costringendoli alla resa e , molti di loro, si diedero alla fuga attraverso le valli per non essere catturati dai soldati ducali. La contea di Varese dunque, viene restituita ai cittadini , sotto il controllo del ducato milanese.
Iniziò un periodo di sviluppo della contea che, grazie agli Sforza, potè sviluppare floridi commerci in tutti i territori lombardi e veneti. per la prima volta venne istituzionalizzato il grande mercato cittadino dei cavalli, apprezzato anche dagli svizzeri che spesso si segnalarono con la loro presenza. lIl successivo periodo sforzesco assicurò a Varese un certo sviluppo economico, con il potenziamento del locale mercato, scelto come sede di un'importante fiera per la vendita di cavalli provenienti da oltralpe. Con la successiva invasione di mercenari svizzeri, l'inizio della dominazione spagnola e lo scoppio di numerose epidemie, la località scivolò in un'epoca di decadenza, da cui si sarebbe ripresa solo con il passaggio al nuovo secolo.