1. Rinzaffo
La prima fase era la stesura sul muro del rinzaffo. Questo veniva preparato con uno strato di calcina grassa e sabbia, creando una consistenza ruvida e grezza che lasciava al passaggio del palmo della mano, piccole imperfezioni. Questa fase era considerata di base in quanto la stesura doveva consentire di assorbire molto bene il successivo strato che veniva steso. Una volta steso, si osservava con attenzione che la parete fosse a piombo verso il basso e lineare con il muro e che tutto fosse il più possibile omogeneo.
2. Arriccio Una volta asciugato il rinzaffo, si procedeva a distendere il secondo strato di intonaco dai granuli molto più fini (
arriccio), ancora imperfetto nella superficie che era piuttosto ruvida e irregolare, ma decisamente meglio del rinzaffo precedente. Una volta fatto asciugare la superficie era pronta per ricevere il disegno dell'artista.
3. Tonachino o intonachino Una volta pronto l'arriccio, si procedeva con l’intonaco o tonachino, un ulteriore strato composto da sabbia fine, polvere di marmo e calce
che doveva ricevere i pigmenti dei colori per l'affresco.
Da questo momento l'artista doveva inumidire spesso lo strato sul quale dipinge e doveva evitare che si asciugasse.
Con una serie di pennelli, spesso costruiti dall'artista stesso come faceva Leonardo, ripassava il
disegno della sinopia (che poteva vedere attraverso l'intonaco).
4. Pittura Intorno ad un affresco vi era sempre una serie di strumenti necessari per il pittore e alcuni aspetti relativi alla buona riuscita dell'affresco stesso:
- avere diversi cavalletti;
- più di un ponteggio se l'affresco era in alto;
- contenitori per l'acqua per inumidire spesso la parete;
- le "tazzelle o i bocchi", piccoli contenitori di legno o terracotta per i colori;
- l'acqua per i pennelli;
- gli stracci di canapa e cotone per pulirli;
- sabbie e pigmenti;
- disporre di una buona illuminazione;
- creare correnti d'aria per una veloce asciugatura o rallentarla per una lenta essiccazione.
L'asciugatura era il nemico dell'artista in quanto il suo processo di asciugatura faceva variare ogni mezz'ora il colore dei pigmenti depositati sulla parete e rendeva i colori sempre più chiari in relazione al maggior livello di asciugatura, così come il fondo dove era stata utilizzata la calce, cambiava il suo colore: grigio chiaro quando era ancora bagnato e bianco quando si asciugava.