1480
All'età di sei anni fu promessa in sposa di Francesco II Gonzaga, erede del marchese di Mantova
a cui portò in dote la somma di 3.000 ducati, oltre a preziosi gioielli, piatti, e un servizio d'argento. Figlia di Ercole I d'Este, secondo duca di Ferrara, e di Eleonora d'Aragona (a sua volta figlia del re Ferdinando I di Napoli e di Isabella di Clermont), era sorella di Beatrice d'Este, duchessa di Milano in quanto moglie di Ludovico Sforza, e di Alfonso I, terzo duca di Ferrara. Divenne marchesa di Mantova.
1490, 12 febbraio
Sposa Francesco II Gonzaga.
1493
Diede alla luce la primogenita Eleonora
1500
Nacque il figlio maschio Federico, che divenne amatissimo. Incontrò il re di Francia Luigi XII a Milano in missione diplomatica per convincerlo a non inviare le sue truppe contro Mantova. E' di questo periodo il ritratto di Isabella d'Este che Leonardo Da Vinci le fece durante la sua permanenza alla corte di Mantova.
1509
Il marito fu catturato e poi tenuto in ostaggio nelle carceri di Venezia. Questo evento costringe Isabella a prendere in mano la situazione e nel giro di poco tempo assume il totale controllo dell'esercito ducale di Mantova, mostrando energia e buon senso, a tal punto da essere apprezzata dagli stessi ufficiali di cavalleria e dai cavalieri.
1519
Muore il marito e Isabella ha 45 anni.
1535, 22 dicembre
Decide di redigere il suo testamento innanzi al notaio Odoardo Stivini. Il testamento è costituito da 23 fogli rilegati in pergamena con l'elenco completo indicante 236 voci che descrivono nel dettaglio i beni lasciati, come i gioielli lavorati e intarsiati in oro e pietre preziose, vasellame decorato sia in terracotta che in metalli nobili, sculture, ritratti, vestiti da cerimonia, oltre che centinaia di opere di pittori che hanno lavorato a corte.
1539, 3 Febbraio
Muore a Mantova e viene sepolta nella Chiesa di Santa Paola a Mantova. La cerimonia di sepoltura prevede che venga inserita in un sarcofago custodito all'interno del palazzo, ma dei suoi resti non è mai stata trovata traccia.