1451, 14 gennaio
Nasce a Lodi, figlio di Bettino 'di Almenno', località vicina a Bergamo, e da Caterina Fissiraga di Lodi. La sua formazione, su volere del padre, fu curata dai frati benedettini del monastero di San Pietro in Lodi Vecchio.
1473, settembre
Fu ordinato sacerdote nella diocesi vescovile di Carlo Pallavicino.
1474
Il padre Bettino, si trasferisce a Mantova insieme al figlio, per dargli occasione di approfondire gli studi musicali.
1474, 18 maggio
Vi è traccia della sua presenza come cantore per la festa dell'Ascensione, dove cantò nella cattedrale di Lodi.
1476
Franchino Gaffurio si trasferisce a Verona, dove ricoprì il ruolo di insegnante di musica e si dedicò alla stesura dei due trattati sulla musica: il Musice institutionis collocutiones e Flos musice.
1477
Il Doge, Prospero Adorno, lo convoca a Genova per l'insegnamento della musica.
1478
Si trovò al seguito di Adorno, esiliato a Napoli. In questo periodo il suo percorso di studio sulla musica e sulle armonie, si approfondisce, sviluppando tesi e concetti relativi alla musica speculativa.
1480
Ultima la stampa di il Theoricum opus musicae disciplinae.
1482 circa
Si trasferisce, su invito di Carlo Pallavicino, a Lodi, dove viene ospitato presso il castello del vescovo, in località Monticelli d'Ongina, dove continua il suo lavoro di scrittura in territorio Cremonese.
1483
Ultima la scrittura della prima parte del Practica musicae.
1483, 19 maggio
Diventa maestro di cappella a Bergamo.
1484, 22 gennaio
Riceve la nomina di magister della Cappella Musicale del duomo di Milano.
1485
Venne ritratto da Leonardo da Vinci con l'opera intitolata "ritratto di musica".
1492
A Milano pubblicò il trattato Theorica musicae. Per la sua capacità di insegnamento il duca Ludovico il Moro lo volle a corte come primo cantore, con compiti prevalentemente di insegnante.
1496
Sempre a Milano pubblica Practica musice.
1522
Franchino Gaffurio morì a Milano e venne dato ordine di sepoltura nella chiesa di San Marcellino nella zona di Porta Comasina, a Nord-Ovest della città, di cui era stato nominato in precedenza rettore. Fu tumulato in un sarcofago creato apposta dallo scultore Agostino Busti.