Primogenito del cardinale valenciano Rodrigo Llançol Borgia, nipote di papa Callisto III. Cesare Borgia iniziò la sua formazione scolastica frequentando l'Università degli Studi di Perugia, su volere del padre che desiderava per lui una carriera ecclesiastica.
1489
Approfondì gli studi teologici recandosi a Pisa, alla rinomata Università. Fu nominato cardinale , alla fine degli studi e ricevuto il dottorato accademico, direttamente dal padre che nel frattempo divenne Papa. Lascerà la carriera ecclesiastica subito dopo la morte del fratello Giovanni.
1491
Inizia ad insegnare diritto canonico.
1492
Il padre gli cedette la nomina di arcivescovo di Valencia, arcidiocesi che era appartenuta in precedenza anche allo zio Callisto III, con una rendita di 16.000 ducati l'anno.
1492, 11 agosto
Suo padre era stato eletto pontefice, col nome di Alessandro VI.
1495
Cesare Borgia fu governatore generale e legato di Orvieto. Fu condottiero a capo dell'esercito francese alla conquista del ducato di Milano e il Regno di Napoli.
1499, 12 maggio
Si congiunge a nozze e ottenne da subito il titolo di duca del Valentino. Da qui l'appellativo di "duca Valentino". Conosce qualche anno prima Leonardo da Vinci che diventerà il suo consigliere e ingegnere militare.
1502
Diventato un politico di grande riferimento, è citato nella congiura della Magione, quale estremo difensore.