1477, 20 maggio
Il padre Ercole I lo promise in sposo ad Anna Maria Sforza, sorella del duca Gian Galeazzo Maria Sforza. Lo scopo era quello di sviluppare tra le due signorie rapporti tali che potessero essere utili ai fini politici.
1491, 23 gennaio
A Pavia si tenne il matrimonio cinque giorni dopo quelle di Beatrice d'Este con Ludovico il Moro.
1492, novembre
Il padre Ercole I nomina il figlio Alfonso ambasciatore della casata presso il pontefice.
1495, 31 marzo
Alfonso si reca da Ludovico Sforza, considerato dopo il matrimonio l'alleato di famiglia, col compito di aiutarlo nell'organizzazione delle sue truppe, composte da una guarnigione di 500 soldati, contro i francesi schierati sulle colline parmensi, nella valle del Taro, più precisamente nell'attuale frazione di Ozzano Taro, per combattere quella che passerà alla storia come la battaglia di Fornovo. Probabilmente questo è l'anno nel quale conosce Leonardo da Vinci, anche lui alla corte di Ludovico il Moro.
1497
Muore la moglie Anna Maria.
1502
Alfonso sposa la nobildonna Lucrezia Borgia, figlia illegittima di Papa Alessandro VI. Il matrimonio diventa così una nuova alleanza tra i Borgia e i d'Este.
1505
Muore il padre, il Duca Ercole I e Alfonso eredita non solo i beni materiali ma, di diritto, anche il trono.
1505, 25 gennaio
Avviene l'investitura ufficiale a Ferrara.
1508
Fu partecipe diretto alla Lega di Cambrai contro Venezia come gonfaloniere di Santa Romana Chiesa, sottraendo ai Veneziani, dopo una dura e cruenta battaglia sia Este che Rovigo.
1510
Il titolo di Duca gli venne tolto dal, Ducato Estense, in quanto si rifiutò di riappacificarsi aderendo alla pace stipulata tra il papato e Venezia, in quanto riteneva che quell'accordo andasse contro gli interessi del ducato di Ferrara.
1512, 11 aprile
Comandò le sue truppe nella battaglia di Ravenna.
1513, marzo
E' invitato a Roma alla cerimonia di incoronazione di Giovanni dè Medici al soglio pontificio Romano col nome di Papa Leone X.